En linux una forma seria con paste.
paste -d \\n Archivo1 Archivo2 >ArchivoFinal
user@host:~$ cat Archivo1
Impar1A
Par1A
Impar1B
Par1B
user@host:~$ cat Archivo2
Impar2A
Par2A
Impar2B
Par2B
user@host:~$ paste -d \\n Archivo1 Archivo2
Impar1A
Impar2A
Par1A
Par2A
Impar1B
Impar2B
Par1B
Par2B
user@host:~$ paste -d \\n Archivo1 Archivo2 >ArchivoFinal
user@host:~$ cat ArchivoFinal
Impar1A
Impar2A
Par1A
Par2A
Impar1B
Impar2B
Par1B
Par2B
user@host:~$