El objetivo de Zoo Tycoon es la de crear un zoológico próspero mediante la creación de exposiciones para dar cabida a los animales en éstas y así mantener a los clientes contentos. La creación del hábitat y del sector donde se ubicará el animal es una de las principales tareas, ya que éste debe mantenerse óptimo y contento dentro de un tiempo permanente. Para llegar al estado máximo de bienestar para el animal, las exposiciones deben ser adecuadas y bien estructuradas, por ejemplo, para un león el ambiente de sabana es el más adecuado y no otro, ya que perjudicaría la psique del león y su estado emocional bajaría considerablemente, siendo esta situación tomada en cuenta por los visitantes del zoológico, perjudicando así la reputación del recinto. Las opciones son variadas y tanto como el terreno, el follaje, las rocas, refugios, vallas, juguetes y la presencia de trabajadores se pueden modificar, ya que todos estos factores contribuyen a la buena organización del zoológico. También existen variados edificios; como baños, restaurantes, puestos de comida, tiendas, edificios de entretenimiento, cines, etc. Se incorpora de igual manera, la estética del zoológico, que consiste en aumentar la felicidad ligeramente en los visitantes, los elementos que existen en esta categoría pueden variar desde postes de luz o bancos hasta arreglos florales y estatuas. Para ayudar a administrar el zoológico, también se puede emplear personal de limpieza, veterinarios o cuidadores y guías turísticos.

Hay tres modos de juego en Zoo Tycoon: tutorial, escenario, y forma libre. El tutorial enseña al jugador cómo crear las exposiciones que albergaran los animales y mantener los visitantes del zoo contentos. El modo de escenario posee una serie variada de objetivos, que tendrán que ser completados por el jugador dentro de un lapso de tiempo determinado. Estos objetivos pueden incluir el logro de un huésped determinado y la felicidad de los animales o un cierto número de animales dentro del zoológico, o la cría de ciertos animales determinados. Jugar de forma libre permite al jugador elegir la cantidad de dinero y el mapa en que éste querrá empezar. Se presenta con un lote abierto, con una selección limitada de animales, edificios y paisajes. Mientras el juego progresa, más animales y elementos son desbloqueados. Los animales y artículos adicionales pueden ser objeto de investigación, donde el dinero se invierte para que sean jugables.