Confirmado que es la Voodoo 2 lo que da problemas. Si desinstalo los drivers y deshabilito la tarjeta en el modo a prueba a fallos se terminan los cuelgues y las ralentizaciones en Windows.
Por otra parte he probado con distintos drivers y todos dan problemas, incluídos los no oficiales FastVoodoo 4.6. Los que "mejor" me han ido han sido unos oficiales antiguos, de los primeros que sacaron para Voodoo 2, en el 98. Con esos al menos si hago clic derecho en el escritorio y me voy a propiedades de pantalla no se cuelga ni da errores, y no sólo eso, si me voy a la pestaña 3DFX Voodoo tampoco se cuelga ahí y me deja tocar valores de configuración para Glide y Direct3D. Eso sí, tampoco funciona ningún juego que use Glide, así que de poco sirve.
Empiezo a pensar que la tarjeta puede estar jodida... ahora mismo sólo se me ocurre formatear Win98 e instalar los primeros drivers oficiales (los que menos problemas dan) o probar con otro SO, como puede ser Windows 2000 o XP, aunque claro, ahí perdería compatibilidad con muchos juegos de la época Glide.