Tengo la Steam Deck, pero no te se decir. No he hecho las pruebas suficientes con esos juegos.
La diferencia del PC y la Steam Deck son los controles, y uno trabaja por windows y el otro por linux, por lo que deberían funcionar.
Yo he probado por ejemplo los remakes de KQ1 y KQ2 que están hechos con AGS. Y he podido ejecutarlos mediante el escritorio, pero no desde scummVM (por problemas antitraducción).
El primer juego de Nelly Cootalot es incompatible con la steam deck (no se visualiza el juego al arrancarlo), pero lo puedes ejecutar perfectamente mediante scummVM.
Voy a intentar hacer pruebas un rato y a ver si te comento mejor.