Esta es una cuestion mas de Windows que de Dosbox, y creo que dosbox no tiene nada para arreglarlo.
Tienes que decirle a Windows que mantenga la proporcion de aspecto, en algun lugar de tu configuracion grafica debe haber una opcion de escalada de pantalla, normalmente con 3 opciones, Preservar ratio (mantener 4:3 con franjas negras a los lados), Pantalla completa (estira la pantalla) y Centrada (centra la imagen y completa con franjas negras arriba, abajo y a los lados).
Una cosa, para que se active esta opcion y poder configurar como quieras tienes que poner una resolucion de pantalla mas baja que la que admita tu pantalla, de lo contrario las opciones pueden no estar disponibles (si la resolucion actual es la maxima admitida windows no tiene nada que estirar, centrar o mantener y no muestra activas las opciones de escalado), cuando hayas configurado la opcion al gusto vuelve a tu resolucion normal, si configuras mantener ratio todos los juegos (incluido dosbox) dejaran de estirarse.