Refloto un poco el hilo ya que después de darle muchas vueltas he conseguido tener los disquetes para instalar Windows 3.11 (versión normal)
Resulta que siguiendo el archivo de instalación SETUP.INF te va diciendo que archivos van en que discos.
Lo difícil vino de como volver a comprimir con Microsoft Compress COMPRESS.EXE y que tuviera el tamaño óptimo, ya que la versión que hay por la red, creo que es la 1.3 soporta un tipo de compresión que no comprima tanto y por consiguiente no caben en un disco los archivos que dice SETUP.INF.
Al final buscando mucho encontré por internet un MSDOS 6.0 Source Code, dentro había un COMPRESS.EXE versión 1.11 que si que tiene el ratio de compresión adecuado.
De esta forma he podido comprimir los archivos en cada discos y caben perfectamente.
Luego en los últimos dos discos que son controladores de impresoras, no son necesarios para la instalación y por eso no salen en el archivo SETUP.INF, pero siguiendo los discos de instalación portugueses he conseguido recrearlos.
Aquí os dejo los discos
https://www.4shared.com/s/fxKp2kkUCkuYa me decis