Que raro, a mi me funcionaba sin hacer nada más de lo que mencionas, cuando me pedia el cd 2 metia el cd y presionaba enter en la pantalla del juego.
Has lo que dice Monthy a ver si funciona.
Si aun no funciona, el juego tambien puede correr copiando los contenidos de ambos cd en una sola carpeta (sobreescribe los archivos repetidos) y corriendolo desde ahi, monta esa carpeta como cd si quieres. Cuando llegue el momento de que te pida el cd 2 en vez de eso pasa inmediatamente a la siguiente fase sin pedir cambio de cd.
Salu2