Versiones
Se publicaron dos versiones diferentes del juego original. En junio de 1994 Taito publicó, sólo en Japón, Puzzle Bobble, que funcionaba sobre una placa Taito B System y tuvo el título preliminar de "Bubble Buster". Seis meses después, en diciembre, se publicó la versión internacional para Neo-Geo MVS de Puzzle Bobble. Era prácticamente idéntica aparte de tener sonido estéreo, algunos efectos de sonido distintos y los textos traducidos.
La versión de Neo-Geo podía configurarse para que mostrase el título alternativo de "Bust a Move", que fue usado en Estados Unidos, Canadá y algunas veces en Europa. Este modo también presentaba mensajes contra la droga y a favor del reciclaje en la secuencia de título.
Jugabilidad
Al inicio de cada ronda, una zona de juego rectangular contiene una cierta cantidad de burbujas de colores dispuestas según un patrón predefinido. A veces estas burbujas (bubbles) son denominadas bolas (balls) en la traducción, sin embargo es obvio que son burbujas, ya que explotan como tales y fueron tomadas del juego Bubble Bobble. Al fondo de la pantalla, el jugador controla un artilugio denominado puntero (pointer), con el que apunta y dispara burbujas hacia arriba. El color de las burbujas a disparar se genera aleatoriamente siendo escogido de entre los colores que presentan las burbujas que todavía quedan en pantalla.
Las burbujas disparadas viajan en líneas rectas, pudiendo rebotar contra los laterales del rectángulo, y se detienen cuando tocan otra burbuja o alcanzan la parte superior del rectángulo. Si cuando una burbuja toca a otra burbuja se forma un grupo de tres o mas burbujas del mismo color, dichas burbujas, así como todas las que cuelguen de ellas, son eliminadas del campo de juego, al tiempo que se reciben puntos.
Después de cada pocos disparos, el techo del rectángulo desciende ligeramente, junto con todas las burbujas pegadas a él. El número de disparos entre cada descenso del techo está influenciado por el número de colores de las burbujas que aún quedan. Cuanto más cerca están las burbujas del fondo de la pantalla, más rápido suena la música, y si cruzan la línea del fondo el jugador pierde y la partida se acaba.
El objetivo del juego es limpiar de burbujas el rectángulo de juego evitando que estas rebasen la línea del fondo que marca el fin de la partida. Cada burbuja es disparada automáticamente tras un cierto tiempo si el jugador permanece inactivo. Tras limpiar la zona de juego, la siguiente fase comienza con un nuevo patrón de burbujas a eliminar
Sistema de puntuación
Como sucedía con muchos de los arcades más populares, los jugadores experimentados (que podían completar el juego con relativa facilidad) se sentían mucho más interesados en el desafío secundario de obtener una alta puntuación (high score), objetivo que implicaba mucha más habilidad y estrategia. Puzzle Bobble satisface muy bien ese interés, con un sistema de puntuación exponencial que permite la obtención de puntuaciones extremadamente altas.
Las burbujas explotadas (esto es, las burbujas del mismo color que desaparecen) valen 10 puntos cada una. Sin embargo, las burbujas caídas (es decir, las que colgaban de las burbujas explotadas) valen mucho más: una da 20 puntos, dos dan 40, tres dan 80. Estos números siguen doblándose con cada burbuja caída adicional, hasta 17 o más burbujas caídas, que dan 1 310 720 puntos. Es posible conseguir este máximo en la mayoría de las rondas (en ocasiones dos veces o más), resultando en un marcador total potencial de 30 millones o más.
También se reciben puntos de bonus por completar una ronda rápido. El máximo de 50 000 puntos de bonus se obtiene si se vence la ronda en 5 segundos o menos; este bonus desciende hasta cero a lo largo del primer minuto, a partir del cual no se recibe ningún bonus.
Modo de dos jugadores
No hay rondas en la partida de dos jugadores. Ambos jugadores tienen sendos rectángulos de juego (que se muestran en pantalla) con una distribución de las burbujas idéntica en cada uno de ellos. Cuando un jugador elimina una gran cantidad de burbujas (cuatro o más), algunas de ellas son transferidas al rectángulo del oponente, normalmente demorando sus esfuerzos para limpiar de burbujas su zona de juego. En algunas versiones, el modo de dos jugadores puede jugarse por una persona contra un componente manejado por la computadora.
Conexiones con Bubble Bobble
Los personajes y la temática del juego se basan en el arcade de plataformas Bubble Bobble de 1986. En los créditos del final del juego suena un remix de la música original de Bubble Bobble.
Los dos dinosaurios que operan el puntero se llaman Bub y Bob (o Bubblun y Bobblun en Japón). Sus gráficos y animación se basan directamente en el Bubble Bobble original, tan solo un poco más grandes (muy similares al Bubble Symphony, que se publicó menos de un mes después). Menos obvio es el hecho de que Puzzle Bobble también presenta todos los enemigos de Bubble Bobble, que son atrapados dentro de las burbujas y salen despedidos cuando las burbujas explotan. Si se observan las burbujas detalladamente, se puede ver los enemigos moviéndose dentro.