La trama para PC de este juego se diferencia radicalmente de las versiones de consola principal. Primero empieza con una escena corta que muestra como el Dr. Otto Octavius se convierte en Doc Ock. La versión para PC continúa con un tutorial, (narrado por Bruce Campbell) explicando al jugador cómo jugar como Spider-Man (balancearse, trepar por muros, luchar).

La historia del juego comienza con una escena de una camioneta gris siendo perseguida por la policía antes de chocar, y salen de ella dos ladrones. Spider-Man derrota a los ladrones rápidamente, pero la camioneta se aleja de manera automática. Spider-Man la sigue hasta la Prisión de Máxima Seguridad de New York donde un grupo de presos provocan un escándalo. Spider-Man derrota muchos ladrones y presos en fuga antes de que Rhino escapa violentamente de la prisión. Él lucha brevemente contra Spider-Man antes de intentar alejarse, destruyendo todo a su paso, pero es atrapado en una jaula láser instalada por la policía. Decidido a dejar escapar a los presos sin derrotar (quienes más tarde se les puede encontrar en los callejones y zonas ocultas), Spider-Man persigue a Rhino y le derrota haciéndole chocar contra las rejas láser (y subsequentemente golpearlo cuando está temporalmente caído, lo que es una buena idea para derrotarle más rápido). Antes de ser derrotado, Rhino intenta cuernear a Spider-Man, pero escapa de la jaula láser para golpear accidentalmente un tanque de una gasolinera que explota y le golpea mandándole varios metros de distania, donde Doc Ock le toma al estar inconsciente. Spider-Man le deja escapar para apagar el incendio, y más tarde probar un nuevo poder llamado "Adrenalina", con la cual temporalmente puede derrotar enemigos normales de un sólo golpe.

Más tarde, Peter Parker va con la tía May al banco, y va al baño justo cuando Doc Ock y una pandilla de ladrones toman rehenes en el banco. Spider-Man combate ladrones y salva a los rehenes, incluida tía May, hasta alcanzar la bodega de metales preciosos donde pelea contra Doc Ock. Ellos luchan, pero Ock escapa con el dinero robado. Spider-Man le deja ir para evitar que secuestren a tía May en una camioneta. Spider-Man detiene la camioneta al disparale a las cuatro ruedas, derrota a los ladrones, y salva por segunda vez a tía May.

Al día siguiente, Peter camina con Mary Jane Watson, cuando el coche de Mary Jane es robado. Peter le dice que espere ahí mientras él llama a la policía. Spider-Man sigue el coche hasta un garaje donde se enfrenta a Puma y sus hombres en un almacén. Puma lleva a Spider-Man hasta la planta alta del edificio, obligando a Spider-Man a luchar para llegar. Luego de que Puma es golpeado un poco, decide llevar la batalla a los tejados, a una fuente y por último a un edificio en construcción. Allí Puma se rinde ante Spider-Man, pero alegremente le dice que él sólo le distrajo para que Doc Ock secuestre a Mary Jane. En una escena corta, Puma intenta escapar, pero Spider-Man le lanza una red y le deja colgando de cabeza en una grúa. Él llama por teléfono móvil a Mary Jane, pero Ock la secuestra.

Más tarde, Ock y sus aliados atacan Oscorp. Spider-Man va a Oscorp para frustrar el robo allí, derrotando a muchos ladrones, salvando un sinnúmero de civiles y científicos y desactivando las ocho bombas que Ock ha colocado en el edificio. Spider-Man se enfrenta a Rhino en una habitación con seis generadores. Allí, Spider-Man le hace golpearse contra ellos para que se elctrocute. Pero Rhino aún no está derrotado. Él se enfrenta a Spider-Man por tercera vez en una habitación con cuatro tubos de nitrógeno líquido que Spider-Man destruye para congelarle. Afortunadamente, Spider-Man escapa antes de congelarse también. Spider-Man deja OsCorp al usar un ascensor para continuar buscando a Doc Ock en el tejado de OsCorp, sólo para encontrarse con un New York patas para arriba, obra del villano Mysterio, villano que ayuda a Ock.

Spider-Man destruye los generadores que mantienen a New York en el cielo, además de luchar contra los robots de Mysterio, antes de perseguir a un Mysterio "volador", que combate a Spider-Man al arrojarle meteoros del cielo, que utiliza el trepamuros para derrotarle. Pero Mysterio aún no ha acabado; él intenta acabar a Spider-Man con un arma láser en el techo del Daily Bugle, pero Spider-Man lo destruye y derrota a Mysterio. Mysterio le cuenta a Spider-Man de los planes de Octopus y desaparece, regresando a una New York normal.

Spider-Man tiene su batalla final con Doc Ock en los subterráneos, teniendo que pasar por los compinches de Ock, salvar a Mary Jane y pelear contra Doc Ock en una lucha final en su reactor de fusión. Spider-Man le golpea lo suficiente para hacerle tomar conciencia del error de su experimento y se sacrifica empujando la máquina al río (como en la película), y Spider-Man escapa con Mary Jane sin revelarle su identidad (a diferencia de la película).