Los canales DMA son compartidos, por lo que forzar el corte de un programa corta temporalmente la conexión a la tarjeta y no puede actualizar la finalización de la aplicacion (de ahí el pitido interminable, lo puedes cortar generando un sonido que genero Windows).
Lo del ratón solo se me ocurre que haya algún conflicto via IRQ (si el sonido ya no funciona, el ratón dispone de un IRQ casi exclusivo, problemas así he visto, pero con modems internos y ratones al puerto serie).
De todas formas una prueba podría ser crear un archivo .PIF de acceso al juego en el que configuras el uso del ratón y la memoria inicial disponible para el juego.