Sí, todos los parches (los scr con sus heps) van en la carpeta ECO del juego como un simple parche.
No te pide sobreescribir porque son scripts que no se modificaron en su momento para la traducción y son bugs que trae el juego original.
Los archivos originales están en resources.000 y no por ficheros sueltos.
Espero que se haya comprendido.