Ya lo pude hacer funcionar.
El verdadero problema estaba en que por algún motivo DosBox-X no estaba cambiando correctamente el directorio de trabajo actual en el MS-DOS.
Yo estaba usando estos comandos en la sección [autoexec], los cuales funcionan perfectamente en DosBox:
:: Run game
CD C:\DAEDALUS
DAEDALUS.exe
pero por algún motivo el comando 'CD' no parece funcionar de la misma manera en DosBox-X, así que el comando "DAEDALUS.exe" daba error de "comando inválido", ya que DosBox-X no podía encontrar un executable con ese nombre en el directorio actual...
Tuve que cambiarlo a:
:: Run game
C:\DAEDALUS\DAEDALUS.exe
Y ahora si, funciona.