Sabía que ese último parámetro en la línea de imgmount me parecía sospechoso.
imgmount d .\isos\IMAGE.iso -t iso -fs iso -ide
2mEse 2m es la etiqueta que determina si es IDE maestro primario o secundario. Por lo que puedes usar 2s o 1s para tener otro IDE esclavo primario o secundario.

De esta manera puedes tener 2 unidades de CD activas al mismo tiempo con sus respectivas imágenes.

Ahora mi confusión seria que rige exactamente el comportamiento de hacer swap de imagenes si tienes 2 discos activos al mismo tiempo, ¿se swapean ambas unidades al mismo tiempo?. No quiero experimentar mucho porque la verdad que emular Win95/98 es el entorno más castrante de emular por leguas.
Estoy empezando a experimentar con esto porque quiero hacer mi propio dosbox X afinado a emular con la mejor rapidez y fidelidad de imagen posible en altas resoluciones en el win95. Hasta ahora me ha ido bien probando con pitfall aunque ahora debo buscar la manera de meter un instalador de quicktime en la imagen de windows y no se como demonios hacerlo. Porque el Wrath of the Gods da errores a cada rato cuando reproduce videos y averigüe que es por la versión de Quicktime, que solo funciona bien con la version 2.1.2.
Pero bueno, solo les conté mis experiencias para ventilar la pérdida de tiempo y frustración que he tenido con esto. Si aun no les quedo muy claro así quedaron mis líneas de imgmount.
imgmount 2 win95.img -size 512,63,64,1023 -t hdd -fs none -ide 1m
imgmount d .\isos\Pitfall.cue -t iso -fs iso -ide 2m
imgmount e .\isos\Wrath.bin -t iso -fs iso -ide 2s
Asi que en teoría aun pudiera usar el IDE 1s para otra unidad o disco.