Pues yo tengo instaldos el ME y el XP ambos con FAT32, ya que en el XP, en la instalación, puedes elegir el tipo de formato que quieras (FAT32, NTFS o Mezcla). Arranco con un disco de W98 modificado (sin unidad virtual ni controladores de windows ni bobadas de esas), con los drivers del cd-rom (tan solo 1 archivo + el MSCDEX, y no toda la morralla de controladores que mete el w98 en el disco de arranque), y los drivers de la tarjeta de sonido, me quedan 623 kb libres de memoria convencional, y nunca he tenido problemas para hacer rular ningún juego.
Mi consejo es que si sois muy jugones al abandone os creeis una partición de 100 o 200 MB con el MS-DOS 6.22, como muy bien dice Scylla. Si no, os sirve con un disco del w98, que es lo más compatible con el MS-DOS, y reconoce FAT32.
¿Que el XP pierde rendimiento con FAT32? Pues es cierto, al igual que el NT, pero también es cierto que si peta el XP o te revienta el HDD y no puedes arrancar, con un disco del 98 pudes recuperar todos los datos sin problemas.