Acabo de bajar para probar el Ark of Time - DOSBox CD.rar que tengo publicado al principio y funciona perfectamente. F5, sale el disco, se pincha en él, se le da nombre y queda grabada la partida. F6 y se puede cargar normalmente.
Si bajas ese archivo, lo descomprimes y lo ejecutas sin modificar nada debería de funcionar. Si no te funciona es que algo raro tienes por ahí.