Bueno, al final he decidido dejarlo con la versión que da menos positivos. He monitoreado Windows 98 en un pc antiguo y en ningún caso ni los menus que he rehecho ni los antiguos hacen modificación alguna de ningún archivo ni del registro, así que lo consideraré lo que ya tenía pinta de ser: un falso positivo.

He subido los CD-MIX que he podido recopilar y adecentar a su debido hilo 

https://www.abandonsocios.org/index.php?topic=11915.180

¿Hay alguna forma de saber qué combinación de bytes son los que hacen saltar cada antivirus?

Esto del NeoBook de DOS guardando datos en una región de memoria de la placa base me ha flipado: exactamente donde y qué clase de memoria es esa?
Aparte, es un poco absurdo, si en esa época no había internet, se podía usar el mismo serial en varios ordenadores y ya está, no entiendo a qué venía ese tipo de protección tan salvaje.

De todos modos, el MENU del CDMIX original sí descomprime el SKYPNG32.DLL a la carpeta Windows, pero el mío no porque al no comprimir las imágenes en formato PNG ya no usa esa DLL. Aún así, el MENU original tiene 30 positivos y el menu que he hecho nuevo tiene 13. Yo creo que es falso positivo sin duda, ya no solo estos 13 si no todos los 30, pero no veo forma de evitarlo. El NeoBook 4 también genera ejecutables con positivos, o sea que ni migrar a esa versión serviría. Estoy por programar el menú de cero xD

Bueno, muchas gracias por toda la colaboración. Al final, creo que he logrado mi objetivo, aunque todavía tengo que hacer algunas pruebas.

El problema, como mencioné, estaba en los Menus del CDMIX 10 y posteriores, que se detectaban como virus (lo sean o no), por culpa de una DLL del NeoBook 3 con el que fueron creados estos menús: SKYPNG32.DLL.

Finalmente, y tras mucho trastear con los ficheros de los menús compilados, he conseguido extraer de ellos todos los archivos sueltos (imagenes, músicas, etc), incluido EL CODIGO FUENTE de esos menus para NeoBook.

Así pues y una vez cargado todo el material en NeoBook 3.1c (la única versión 3 registrada de la que dispongo), puedo compilarlo de nuevo en formato EXE. Lo bueno es que esta versión 3.1 (la 3.0 no tiene esa opción) me da a elegir si quiero compilar comprimiendo las imágenes o no. En caso de escoger la opción de que las comprima, es cuando se incluye la librería SKYPNG32.DLL en cuestión ya que todas las imágenes se convierten a PNG independientemente del formato original. Visto lo visto, he optado por compilar el menú SIN COMPRIMIR las imágenes y así, finalmente, he conseguido una versión del menú idéntica a nivel usuario al original... pero sin virus ni alertas de tales.

Sin embargo, el ejecutable del primer CD del CDMIX 10, con el que he hecho las pruebas, pasa de este modo de ocupar 13 megas a ocupar 63... que no es moco de pavo para la época y para que quepa en el CD.

Así que le he dado otra vuelta de tuerca al asunto y he cambiado el formato de las imágenes, que de base venían la mayoría en BMP, y las he guardado todas en formato PCX, que pese a soportar más de 256 colores, en el 90% de los casos he podido reducir las imágenes a 256 ya que las originales no usaban más. De este modo he conseguido un ejecutable de 16 Megas, 3 más que el original... pero sin virus ni alertas de virus. Me parece un resultado más que aceptable.

Así que con esto creo que puedo dar por finalizada esta aventura. Cuando haya conseguido compilar los 4 menus, que lleva su tiempo de conversión y demás, y montado los CD's respetando las estructuras de archivos originales, fechas coherentes, etc. me pasaré por el hilo de los CD-MIX y subiré a archive.org las ediciones que he montado 

Actualizo para decir que he hecho la prueba de compilar con el SKYPNG32.DLL que me pusiste, Rodrigo y efectivamente, se pueden crear ejecutables... pero estos NO cargan las imágenes, así que ese archivo DLL no es compatible con NeoBook3.

Sí, yo también estoy intentando hacer una recopilación. De momento tengo el 1, 6, 7, 8 y 9, que son de MSDOS y ninguno tenía virus, y ahora estaba intentando conseguir montar el 10 original sin virus. Conseguí separar los menus de los archivos independientes (el DLL, los midis, los wavs, los bmp) pero poniendo el otro DLL nuevo ahí, no me sirve. Y no, no tengo el código fuente. Tocaría, si no consigo arreglar el DLL original para que no se detecte como virus, recrear los menus con esa misma versión del NeoBook y el DLL moderno.

De los primeros CD-Mix arreglé las fechas de las carpetas y eliminé los archivos que habían añadido posteriormente personas como USA_SOFT para intentar dejarlos lo más fieles a lo que fueron en su día.
Del 10, de los 4 CDs, aparte de los menus que salta ese supuesto virus (que igual es un falso positivo, pero bueno) había un juego de un CD, el Chessmaster no se cuantos que tenía un archivo con virus, pero que no era necesario para el juego (era el openedit), así que lo eliminé manteniendo el RAR autodescomprimible lo más similar al original, hecho con la misma versión de Winrar y manteniendo la fecha del archivo.

Pero me he quedado atascado con el tema de los Menus. Cuando consiga una versión sin virus del CDMIX 10 con sus menus intactos, mi idea era subirlos a algun sitio y ponerlos en el hilo correspondiente, y luego ya mirarme los posteriores.

Me encantaría conseguir los CD-MIX originales del 2 al 5, soy consciente que los que corrían malnombrados como CDMIX eran otras recopilaciones, pero parece ser que nadie conserva los originales, y es una pena porque había recopilaciones de programas muy interesantes.

Muchas gracias a todos.

Sí, esas dos ISOS ya las descargué en su momento. En el primero, el Majic, una vez instalado el NeoBook el archivo SKYPNG32.DLL da positivo con el Windows Defender y si lo subes a VirusTotal. De hecho esa versión 3.1c en inglés es la que ya tenía exactamente.

En el segundo caso, el de la contraseña Water, no pude ni instalarlo, no sé si tú lo probaste, pero da error la propia instalación así que me quedé con las ganas, aparte de que con el Dosbox no me tiraba ni el instalador este raro de ese CD, así que tuve que quemar el CD y probar en un PC Antiguo de verdad.

Y el fichero este que me subes, Rodrigo, no funciona como substituto (además de que ocupa distinto). ¿De donde lo has bajado y con qué nombre? Porque el archivo ILPNG.DLL no es sustituto directo, y ese también lo había probado.

La cuestión aquí está en los CDMIX, esos recopilatorios piratas de juegos de los 90/2000. Sus menús estaban hechos con diferentes versiones del NeoBook, hasta el 9 eran de MS-DOS y sin problema, pero por desgracia a partir del 10 (10 incluido), los menús incluyen "virus" por ese archivo; llevo una temporada intentando preservar esos recopilatorios sin virus, pero si no consigo arreglar ese skypng32.dll, no hay manera, aunque tengo mis dudas de que sea un falso positivo, pero aún así, me gustaría poder tener una imagen límpia no problemática.

Muchas gracias a todos! Añadiré estas versiones a la colección y seguiré buscando a ver si encuentro alguna 4.0 registrada o alguna 3 que no sea la que ya tengo, aunque creo que todas las versiones 3 registradas deben tener el mismo problema de virus o de falso positivo  :'(