Yo también lo llevo utilizando desde hace un año y si puedo poner sin problemas lo que mencionas.
Estoy utilizando la Codificación ANSI por si te sirve.
Barra de menús -> Codificación -> Codificar en ANSI
La versión de Notepad++ es 6.6.9
¿Porque es el notepad del icono del camaleon verde no? Si es ese así es como yo lo tengo y me funciona bien.