No se que problema puede ser de esa incompatibilidad, ni que hardware exacto tienes.
Yo tengo un p4 con msdos 6.2 con una sound blaster live, correctamente configurada en autoexec.bat y config.sys, con sus drivers originales de msdos y no el unisound.
Y el juego arranca y se oye todo.
Por otra parte en msdos hay que activar un controlador de ratón, supongo que lo habrás hecho, yo utilizo el ctmouse que ocupa muy poquita memoria base.
No se si será algo de esto.