Protección física es lo de poner sectores defectuosos, cambios en el formato estándar y cosas así, que impedían que un disquete se pudiera copiar de forma estándar, y por eso mismo, al no tener un formato estándar, una disquetera USB no puede leerlo. Si todo lo que tienes son disquetes copiados no te dará problemas, pero si tienes disquetes originales no sería raro que la disquetera no los pudiese leer por usar este sistema de protección.