Buenas,
No te preocupes. A veces doy por sentado que las instrucciones están claras.
Ante todo, es recomendable instalar siempre los juegos fuera de Archivos de Programa, por ejemplo en Juegos\…
Respecto a las instrucciones de la medicina, en cada CD hay una carpeta Data, que deberás copiar entera con todo su contenido (algunas carpetas y varios archivos RES.* principalmente) dentro de la carpeta que lo hayas instalado, por ejemplo Juegos\Sanitarium. Dicha carpeta ya contendrá una carpeta con el mismo nombre, de forma que quedara con la misma estructura.
No es necesario sobreescribir los archivos que ya se encuentran en la carpeta cuando lo pida, pero tampoco pasa nada si se hace.
El resto, como las demás medicinas, copia de seguridad de original y sobreescribir con el archivo modificado.
Espero haber aclarado las dudas.
Salu2