Guay, ya lo tengo. Y como yo quería, con un pequeño reg que me lo hace de un tirón. Guardiola me ha dado la pista que necesitaba, y con el Keytweak y el Regshot por detrás he podido ver los cambios que se hacen en el registro al aplicar el cambio de F1 con la función del F2. Y es así de sencillo:
Cambiar funcion de F1 a la misma de F2.reg:
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\ControlSet001\Control\Keyboard Layout]
"Scancode Map"=hex:00,00,00,00,00,00,00,00,02,00,00,00,3c,00,3b,00,00,00,00,00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\ControlSet001\Services\kmixer\Enum]
"Count"=dword:00000001
"NextInstance"=dword:00000001
"0"="SW\\{b7eafdc0-a680-11d0-96d8-00aa0051e51d}\\{9B365890-165F-11D0-A195-0020AFD156E4}"
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout]
"Scancode Map"=hex:00,00,00,00,00,00,00,00,02,00,00,00,3c,00,3b,00,00,00,00,00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\kmixer\Enum]
"Count"=dword:00000001
"NextInstance"=dword:00000001
"0"="SW\\{b7eafdc0-a680-11d0-96d8-00aa0051e51d}\\{9B365890-165F-11D0-A195-0020AFD156E4}"
Ojo, que este reg es para WinXP. Quien quiera probar en otros Windows que tire del hilo, no creo que sea muy distinto.