No te quedara mas remedio que partir un poco los archivos para subir o usar otro programa de gestion de subidas y dejar subiendo mientras no uses el pc
yo personalmente al principio intente con megamanager para experimentar y se demoro 3 horas en subir 100mb ,asi que opte por fileuploader el cual en cerca de 27 minutos se demoro en subir los mismos 100 megas ,ademas que una de las funciones del programa da la posibilidad de apagar el pc automaticamente al terminar de subir todos los archivos.