Kōji, un estudiante japonés de secundaria, comienza a experimentar extraños sueños recurrentes increíblemente realistas. En ellos aparece una estación espacial habitada por hermosas jóvenes. Cada vez que intenta explorar más a fondo ese mundo onírico, despierta abruptamente.
Su profesora, intrigada por el relato de estas experiencias, le anima a regresar a la estación espacial en sus sueños y a contarle todo lo que descubra. Poco a poco, Kōji termina comprendiendo que el mundo de los sueños y la realidad están mucho más conectados de lo que imaginaba, viéndose obligado a evitar un grave peligro.
Xenon es una novela visual erótica de ciencia ficción con una marcada atmósfera noventera, que mezcla sueños, exploración espacial, misterio psicológico y ese estilo cyberpunk tan característico de muchos títulos japoneses para NEC PC-98. Más allá del fanservice, el juego destaca por su ambientación inquietante, sus múltiples rutas y la constante sensación de no distinguir del todo qué pertenece al sueño y qué a la realidad.
El jugador toma el control de Kōji mediante distintas decisiones, normalmente relacionadas con los lugares que visitar. La aventura transcurre entre la estación espacial del sueño y el instituto en el mundo real, ramificándose en diferentes rutas y versiones alternativas de los sueños de Kōji según nuestras elecciones.